La UTM realiza su labor académica en conjunto con el Colegio Bíblico Misionero Inc. (CBM), al ofrecer el bachillerato en forma avanzada, tras convalidar los tres años de estudios teológicos bíblicos del CBM. La Universidad Teológica comenzó ofreciendo el grado de bachillerato con concentración en teología pastoral afiliados a la Universidad Teológica de Puerto Rico. También, se afilió a la Dayspring Theological University para ofrecer los grados de maestría y doctorado en teología bíblica, y maestría y doctorado en consejería cristiana con modelos bíblicos.  Además, cuenta con dos certificaciones: inglés conversacional en la teología práctica y técnico de audio.